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Type Experimental method Comment  
  21418356 4 F Gene expression analysis (transcription) : Quantitative RT-PCR Os02g0204700-LOC_Os02g11020; Os06g0600400-LOC_Os06g39880; Os07g0647200-LOC_Os07g45290; Os01g0388000-LOC_Os01g29150.  
             
  Row Col. Gene analysed Transgene Prom. Id Taxon Id Culti. Id /
Ecotype
Mutant Id Plant type Trans. Id Plant Ont. Env. Ont. Trait Ont. Relative expression  
  1 1 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0000037[#] # # 0.0035  
  1 2 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020104[#] # # 0.0095  
  1 3 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020039[#] # # 0.0027  
  1 4 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020142[#] # # 0.0008  
  1 5 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009005[#] # # 0.0167  
  1 6 LOC_Os02g11020 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009049[#] # # 0.0012  
 
LOC_Os02g11020-cytochrome P450 72A1, putative, expressed
39947-Oryza sativa japonica group
CU:100-cv. Nipponbare, cv. GA3, cv. Nipponbare / Japonica
WT-Wild Type
PO:0000037-shoot apex
PO:0009005-root
PO:0009049-inflorescence
PO:0020039-leaf lamina
PO:0020104-leaf sheath
PO:0020142-stem internode
 
     
  Row Col. Gene analysed Transgene Prom. Id Taxon Id Culti. Id /
Ecotype
Mutant Id Plant type Trans. Id Plant Ont. Env. Ont. Trait Ont. Relative expression  
  2 1 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0000037[#] # # 0.0079  
  2 2 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020104[#] # # 0.0578  
  2 3 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020039[#] # # 0.0199  
  2 4 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020142[#] # # 0.0083  
  2 5 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009005[#] # # 0.0430  
  2 6 LOC_Os06g39880 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009049[#] # # 0.0075  
 
LOC_Os06g39880-cytochrome P450 72A1, putative
39947-Oryza sativa japonica group
CU:100-cv. Nipponbare, cv. GA3, cv. Nipponbare / Japonica
WT-Wild Type
PO:0000037-shoot apex
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PO:0009049-inflorescence
PO:0020039-leaf lamina
PO:0020104-leaf sheath
PO:0020142-stem internode
 
     
  Row Col. Gene analysed Transgene Prom. Id Taxon Id Culti. Id /
Ecotype
Mutant Id Plant type Trans. Id Plant Ont. Env. Ont. Trait Ont. Relative expression  
  3 1 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0000037[#] # # 0.0012  
  3 2 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020104[#] # # 0.0008  
  3 3 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020039[#] # # 0  
  3 4 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020142[#] # # 0  
  3 5 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009005[#] # # 0.0319  
  3 6 LOC_Os07g45290 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009049[#] # # 0.0012  
 
LOC_Os07g45290-cytochrome P450 72A1, putative, expressed
39947-Oryza sativa japonica group
CU:100-cv. Nipponbare, cv. GA3, cv. Nipponbare / Japonica
WT-Wild Type
PO:0000037-shoot apex
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PO:0020039-leaf lamina
PO:0020104-leaf sheath
PO:0020142-stem internode
 
     
  Row Col. Gene analysed Transgene Prom. Id Taxon Id Culti. Id /
Ecotype
Mutant Id Plant type Trans. Id Plant Ont. Env. Ont. Trait Ont. Relative expression  
  4 1 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0000037[#] # # 0.0434  
  4 2 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020104[#] # # 0.1244  
  4 3 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020039[#] # # 0.0538  
  4 4 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0020142[#] # # 0.0434  
  4 5 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009005[#] # # 0.0259  
  4 6 LOC_Os01g29150 # # 39947 CU:100 # WT # PO:0009049[#] # # 0.0231  
 
LOC_Os01g29150-cytochrome P450 72A1, putative, expressed
39947-Oryza sativa japonica group
CU:100-cv. Nipponbare, cv. GA3, cv. Nipponbare / Japonica
WT-Wild Type
PO:0000037-shoot apex
PO:0009005-root
PO:0009049-inflorescence
PO:0020039-leaf lamina
PO:0020104-leaf sheath
PO:0020142-stem internode
 
     

Department of Plant Molecular Biology, University of Delhi South Campus, New Delhi-110021, India